新政府成立後已在行政院悄悄地成立「兩岸小組」，由主管財經的政務委員朱雲鵬負責兩岸小組的運作。重要的兩岸議題，陸委會主委賴幸媛也會參與。據了解，現行「馬劉」體制下，行政院在兩岸政策的推動上有一定重要角色，陸委會的功能則相對減弱。

行政院副院長邱正雄受訪表示，兩岸政策的鬆綁及具體開放措施，都會送到「兩岸小組」討論，賴幸媛在行政院會通過前，也都會參與討論。相關官員說，若範圍較廣、較複雜，邱正雄也會多指派一位政務委員蔡勳雄和朱雲鵬共同主持。

據了解，過去在國民黨主政時，行政院設有大陸政策推動小組，連戰當行政院長時，副院長徐立德為陸策組召集人。民進黨主政時，行政院在兩岸政策上較弱化、陸委會與國安會的角色較強勢。

據透露，劉內閣兩岸小組開會結果，朱雲鵬與邱正雄會進一步向劉兆玄提出彙報，並由劉揆向府、國安會交換意見後，提到行政院會討論通過。相關陸委會官員說，最近陸委會幾次委員會，其實都在「追認」行政院會通過的兩岸政策。