總統府清查發現陳水扁在八年總統任內，發生大量的公文佚失情況，已請監察院對此事件進行調查。 陳水扁在2004年5月卸任總統前，就已經被立法院發現與國防部一同採購碎紙機，政壇傳聞不少，檢調單位調查陳水扁洗錢案時，也曾發現扁辦持有機密公文。

未進入內部公文稽催系統

總統府發言人羅智強指出，經清查發現，前總統陳水扁執政時，公文凡是標明總統、副總統、總統秘書長、兩位副祕書長五長辦公室收，就直接由外收發室送進五長辦公室，直接跳過內收發（即總收發室），根本沒有進入內部公文稽催系統，既不知後續如何處理，也不了解公文流向何處。

歸檔僅6.76% 3.6萬件消失

總統府清查兩年，發現陳水扁執政八年，總統府前後17位五長辦公室，共收到3萬8924件公文，歸檔僅2632件，歸檔比例僅6.76%，有3萬6000多件不知去向。

羅智強表示，總統府清查發現內收發室完全沒有相關公文檔案紀錄，進而清查外收發檔案紀錄，發現公文一旦標明是五長辦公室，就由外收發直接進五長辦公室，沒有進入內部公文稽催系統，也無法從內部公文系統稽查，導致總統府必須以人工逐一比對清查公文迭失情況。

監院調查 總統府配合

羅智強表示，由於公文根本跳過內收發未進公文稽察系統，只能由外收發文的登錄簿清查，知道這些公文進入總統府後，是進入哪五長辦公室，但文件內容是什麼，也只有五長辦公室的人知道，裡面涉及什麼樣的國家機密、人民利益，有待後續監察院的調查，總統府會全力配合。

就算要銷毀 須經過登錄

羅智強說，如外交部密抄部分，總統府就算要送還外交部集中銷毀，也必須經過清冊編目登錄的程序，知道有做這樣的公文處理，但總統府現在只看到密抄進入五長辦公室，根本不知後續如何處理、無從稽查這些密抄究竟流到何處。

羅智強表示，總統府爆發民進黨執政時代的洩密案，與民進黨時代的公文保管不當有關，因為只要公文沒有進入公文系統稽催，當然就會產生很多漏洞，這個漏洞如何發生，緣由為何，正是要移送監院處理的原因。

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