過去一般民眾(和醫生們)擔心咖啡對心臟不好，造成胃潰瘍，甚至使人焦躁。過度飲用咖啡確實會產生問題，但近期的研究發現咖啡對身體有益無害，包含對帕金森氏症、糖尿病與某些類型的癌症都可能有保護效果(研究結果尚未正式完成)。 2012年元月號的 Harvard Health Letter 特別探討咖啡中足以解釋此種可能保護效果的成份： 1. 咖啡因 (caffeine)：咖啡因對腦部可能有多重影響，但主要影響的目標為「腺苷酸受體」(adenosine receptors)。大腦受帕金森氏症影響的部份稱為「線條體」(striatum)，當中充滿了「腺苷酸受體」。咖啡因聚集在「腺苷酸受體」上可以提供保護效果對抗帕金森氏症。咖啡因對心血管系統有短期不良影響，會使血壓升高甚至可能引發動脈硬化，但長期習慣性飲用咖啡可局部消除這些不良影響。 2. Cafestol and kahweol：咖啡中含有稱為diterpenes的油性物質，其中兩種主要物質為cafestol和kahweol。這兩種物質可能有抗癌效果，但也有增加膽固醇的副作用。咖啡濾網可過濾大部份的cafestol和kahweol，使其不至於存留在飲用的咖啡中。 3. 抗氧化劑 (antioxidants)：抗氧化劑是一種吸收反應分子的物質，使得血管中的敏感組織不受反應分子的傷害。咖啡含有高量的抗氧化劑，包含了強效的「綠原酸」(chlorogenic acid)。 4. 維他命和礦物質：咖啡並非維他命和礦物質的主要來源，但卻含有少量的鎂(magnesium)和鉀(potassium)。