歷史上炮製冤案的事例太多，因此現代「刑事學原理」包括以下基本條件用意即在防止發生冤獄。

「刑求自白屬於非法取供」

「判刑不得僅依口供」

「嫌犯無自證有罪的義務」

依據這些條件回看「煙台聯中學生匪諜案」，足以判斷本案疑點重重。

匪諜案爆發後，全案交39師少將師長韓鳳儀與政治部少校秘書陳福生偵查，學生遭受酷刑逼供認罪，包括電刑、掌嘴、吊刑、鞭打或灌水等無所不用其極。

根據曾經被扣案的「張敏之校長求救字條」:

仲躋翰〔字墨園〕先生係空軍老軍官，赴馬公參觀，適逢馬公案情發生， 據云韓部欲加敏之以妨碍建軍罪，學生受酷刑逼學生承認匪諜，學生高聲說「是」即停刑， 逼學生說出作匪諜的介紹人，學生受不過，順口說「校中陳先生」， 問口供的說不是，再加刑，學生說苑主任，問口供的說不是，再刑！ 學生說:「張校長」，問口供的說：「對啦！ 對啦！你早這樣說不就好了嗎 ?」 孫盟組織我絕未參加， 在馬公韓部強迫學生承認匪諜， 並強迫學生牽掣我入案， 我被捕遭酷刑，韓部捏造口供， 強迫我繕寫簽字，來到台北等候法官二次傳訊，我一定要把以前被捏造口供的事實說明， 因為第一次法官問我的話很簡單，不讓我多講話。

紙條中內容分析起來，可以察覺冤屈之所在。

除了眾學生受酷刑取供，張敏之校長也遭酷刑，韓部捏造口供，強迫張敏之校長繕寫簽字。

紙條中所提及的「苑主任」是苑覺非先生，現在台大政治系教授苑舉正的父親。

紙條中所提及的「孫盟」是「孫文主義革命同盟」的簡稱, 在國民黨反蔣派別中, 孫盟是個較小的組織, 它於1945 年春在重慶開始醞釀, 1947 年春在南京碑亭坊東方旅社幾度秘密集會後, 正式宣告成立, 其目的是要從蔣政權內部分化瓦解蔣政權。 1948年春, 在南京賀耀祖的秘書龔雲村住宅舉行第一次代表大會, 通過孫盟的政治綱領, 提出以堅持孫中山先生的三大政策反蔣聯共為宗旨, 並在江蘇、浙江、南京、上海等地建立秘密組織, 運用各種機會與各種名義, 從政治、軍事、經濟、社會、文化等各方面秘密開展反蔣活動。 回顧山東流亡學生的路程，很難想像在青島帶領學生流亡途中的張敏之校長，如何能分身去參加一個1948年春才在南京秘密運作的「孫盟」，又是未被公開的反蔣活動。 無奈當時國民黨剛從大陸敗退來台，處於風雨飄搖、杯弓蛇影、草木皆兵的危疑震撼階段，對任何人都不敢信任，保安處少將副處長舒紹鴻任審判長，王傳鑫與陳煥生任審判官，審理匪諜案時。三人見到張敏之校長與「孫盟」有所牽扯，雖然張敏之校長的老師崔唯吾邀集山東來台的“省府委員” “議會議長” “立法委員” “國大代表”等要員名流二十多人，聯名致函，向當時任台灣保安司令、副司令的陳誠、彭孟緝陳情鳴冤，也是無力為其平反，而鑄成遷台後最大冤案！ 如今75年過去了，山東流亡學生澎湖從軍案仍被眾多歷史家認為是一個懸案，沒能得到真正平反。個人認為一位優秀的歷史家應該是個大偵探，能夠從蛛絲馬跡等微物證據找出真相，為冤獄平反。在此我提出一項有力旁證，解讀張敏之校長的冤情。 2013年10月中國人民解放軍總政治部聯絡部建設「北京西山無名英雄廣場」，位於中華人民共和國北京市海澱區四季青地區西山國家森林公園。 　　

無名英雄廣場的花崗岩牆上則用陰文素鐫著846位在台灣被處決的「隱蔽戰線烈士」姓名，其中有部分為空白，代表未留下姓名的無名人士，以便今後隨時增補。 至今11年過去，張敏之校長冤死案中犧牲的七位師生，沒有一位被承認為中共烈士身分，這也說明犧牲的七位師生，沒有中共派遣人員在內。

「台北保安司令部」屬於戰時戡亂體制，集行政、立法、司法大權於一身，沒有監督制衡的相對單位，當其一意孤行的作為時，

雖然有山東省議會議長裴鳴宇的辨冤書，監察委員崔唯吾的保證書，當時任台灣保安司令、副司令的陳誠、彭孟緝一概置之不顧，時人有「戰亂時代人命不如螻蟻」的感嘆，在本案尤其明顯。