另外，透過試管嬰兒胚胎植入 (In Vitro Fertilization，IVF)出生的試管嬰兒，罹患心臟疾病和生殖系統致畸的風險，也遠較自然受孕出生的嬰兒來得高。

法國巴黎「Port Royal婦產醫院」臨床遺傳學家維歐特（Geraldine Viot）女士領導的小組調查33家法國不孕症治療中心，研究2003年至2007年間逾15000名試管嬰兒的資料。

結果顯示，經由IVF出生的嬰兒，先天致畸的比率高達4.24%。相較之下，自然受孕出生的嬰兒僅2%至3%。維歐特說，試管嬰兒發生心臟問題和泌尿生殖系統異常的機率偏高，特別是男嬰。此外，在血管瘤（angioma）方面，試管嬰兒罹患的機率更比自然受孕出生的嬰兒高5倍，而女嬰的發生率較男嬰高出逾1倍。

維歐特說，醫師應主動告知考慮接受輔助受孕的夫妻，嬰兒可能的致畸風險。目前這種規模的出生致畸率已稱得上是一種公共衛生問題，呼籲醫界投入研究，找出病因。