海軍登陸艦隊司令部時期：奉總部令民國39年7月1日正式成立「海軍登陸艦隊司令部」。下轄各類兩棲艦艇共計44艘（中字型艦22艘、美字型艦13艘、聯字型艇9艘），聯勝艇於47年11月1日除役。

海軍登陸第一、二艦隊司令部時期：50年奉總部令成立「海軍登陸第一艦隊司令部」及「海軍登陸第二艦隊司令部」。下轄各類兩棲艦艇共計44艘（中字型艦22艘、美字型艦13艘、聯字型艇9艘），聯珠、聯錚艇於55年10月1日除役，聯利、聯華艇於51年11月1日除役。

海軍登陸第一、二艦隊時期：55年4月奉總部令將原「海軍登陸第一艦隊司令部」及「海軍登陸第二艦隊司令部」改為「海軍登陸第一艦隊」及「海軍登陸第二艦隊」，於55年5月1日改編完成。下轄各類兩棲艦艇共計38艘（中字型艦22艘、美字型艦13艘、聯字型艇3艘），58年至60年美華艦、聯智艇、聯仁艇、聯勇艇、美堅艦、美成艦、美宏艦、美漢艦、美益艦、美文艦、美朋艦、美功艦等12艘艦艇陸續除役。

海軍一五四艦隊、海軍一三六艦隊時期：65年1月1日奉總部令將原「海軍登陸第一艦隊」、「海軍登陸第二艦隊」改為「海軍一五四艦隊」及「海軍一三六艦隊」。下轄各類兩棲艦艇共計29艘（中字型艦23艘、美字型艦4艘、船塢登陸艦2艘）。

海軍一五一艦隊時期：74年10月1日奉總部令將「海軍一五四艦隊」及「海軍一三六艦隊」合併為「海軍一五一艦隊」。下轄各類兩棲艦艇共計29艘，75至79年簡易封存中程、中強、中鼎、中基、中練、中萬、中肅艦等7艘。