海防艦隊部與海防第二艦隊時期：我國海軍於三十五年元月一日奉命編組成立「海防艦隊部」，為本隊之前身，所轄艦艇皆為抗日戰爭勝利後，自美、英、日等國接收之機動艦艇編成，民國三十六年為因應動員戡亂，設立「海防第二艦隊」。

海防第一艦隊司令部時期：本隊於三十六年七月一日奉令改編為「海防第一艦隊司令部」，下轄太康、太平、永勝、永寧、永興、永定、永泰、永翔、永靖、長治、逸仙、咸寧、成安、固安、泰安等十五艘艦艇。

海軍第一艦隊時期：三十八年春本隊奉命擴編，下轄艦艇二十八艘；時政府為因應粵海方面作戰，再設立「海防第三艦隊」，各艦隊兵力因之調整，同年六月本隊艦艇減編為二十三艘。隔（三十九）年六月再行調整，本隊時轄艦艇共十九艘，同年七月一日奉命改編為「海軍第一艦隊」。

海軍驅逐艦隊司令部時期：三十九年至四十三年間，為因應我海軍艦隊新設或改編，曾陸續多次兵力減編調整，四十四年元月十六日本隊奉命改編為「海軍驅逐艦隊司令部」，隸屬「艦隊指揮部」，下轄屬艦八艘分編為三個戰隊。自民國四十三年八月八日，美援驅逐艦二艘（洛陽、漢陽艦）相繼返國納入本隊作戰序列，爾後本軍均按一定兵力標準陸續接收換裝美援驅逐艦，民國五十年四月十二日本隊改編改隸「驅逐巡防部隊司令部」下轄屬艦十一艘分編三個戰隊。自五十六年至六十二年間，美援驅逐艦計十五艘相繼成軍編入本隊作戰序列，共同擔負維護台海安全責任。

驅逐第一艦隊時期：五十七年九月一日直屬上級「艦隊指揮部」及「驅逐巡防部隊司令部」更名為「艦隊司令部」及「驅逐巡防艦隊指揮部」，六十二年九月一日為簡化指揮層級撤銷「驅逐巡防艦隊指揮部」，本隊改隸艦隊司令部。六十三年十月一日因美援驅逐艦陸續返國加入我戰鬥序列，海軍依艦型成立兩個驅逐艦隊，本隊奉命改編為「驅逐第一艦隊」，分編為兩個戰隊，下轄屬艦九艘。

海軍一二四艦隊時期：六十五年元月一日，本隊奉令部隊番號為「海軍一二四艦隊」，下轄二四二及二六四戰隊，時轄有飛彈驅逐艦計十二艘。八十二年首艘由國人自建之成功級飛彈巡防艦（成功艦）建造完成；時向美租借之三艘諾克斯級巡防艦（濟陽、鳳陽、汾陽艦）亦返抵國門，同年五月七日及十月十六日成功艦與濟陽、鳳陽、汾陽艦分別編入本隊作戰序列；八十四年九月一日我巡防第二艦隊（一六八艦隊）於蘇澳中正基地成立，本屬三艘諾克斯級巡防艦及岳陽、當陽艦移編一六八艦隊；八十五年五月我購自法國之首艘康定級艦（康定艦）返國成軍，同年六月十日本屬遼陽、德陽艦移編一四六艦隊；十月十二日西寧艦返國成軍，翌（八十六）年元月成功級艦子儀號交艦，二月、八月、昆明、迪化艦陸續返國成軍，十月一日全軍主戰兵力調整，原屬本隊成功級艦及慶陽、昆陽兩艦移編一四六艦隊，該艦隊之洛陽艦同時移編本隊，十二月武昌艦、八十七年三月承德艦返國成軍加入本隊戰鬥序列。八十八年十二月一日原隸屬一三一艦隊之二七二戰隊（PCL-1、2、3、5、6、7、8、9艇）移編本隊，時本隊計轄有飛彈驅逐艦（南陽、富陽、洛陽、綏陽）四艘、康定級艦六艘及二七二戰隊（PCL艇八艘）。八十八年十二月至八十九年三月，富陽、南陽、洛陽、綏陽艦陸續汰除，該四艦光榮除役後本隊正式進入全新兵力時代成為新一代主戰艦隊。