莫拉克重創南台，鐵公路多處中斷，尤其鐵路可謂戰後受創最嚴重的一次，多個路段須以鐵路加公路的接駁方式，也讓中南部及東部的台鐵通勤族在今天風災過後第一個上班日，將面臨前所未有考驗，在未來三個月甚至半年，災區通勤族可能都要有「早出晚歸」的心理準備。

台鐵從台南到台東，不少路基都因雨沖刷受損，部分路段須以公路接駁。西幹線方面，南下對號車只從七堵行駛到台南新營站折返，新營善化間由公路客運接駁；善化至高雄間從上午六時開始，每卅分鐘對開一列自強號（停靠高雄、岡山、台南、善化），台鐵表示，公路客運會配合南下對號列車到達時間發車接駁。

海線各級對號列車維持正常，但山線由於石崗水庫洩洪，導致台鐵大甲溪橋水面漫過鐵軌，達到停駛標準，水位雖已漸退去，但運能縮減，山線對號列車今天僅行駛自強號及區間車。

至於區間車行駛狀況，新營以北區間車正常行駛，善化南州間機動開區間車。

東部幹線，台北─花蓮─台東各級列車正常行駛，但池上到台東間因鹿野溪橋中斷，將以公路車輛接駁。

受創最深的南迴線，由於南太麻里溪橋、林邊溪橋路基嚴重流失，預估要三到六個月時間才能修復，修復前只能以公路接駁；南州到台東間也將協調國光客運增班替代行駛；民眾若要從台東搭南迴線經由屏東線到高雄，恐怕要等半年。

高鐵方面，高鐵今天將恢復全線運行，但營運服務模式有所調整。從上午六時卅分至晚間十時止，台北及左營站每半點及整點將各發出一班站站停、全車自由座列車。此外，為疏運通勤旅次，在上午通勤及晚上時段共發出四班台北─台中及台中─左營的全車自由座區間車：分別是上午六時卅分及七時各發出一班台中往台北列車、上午六時卅分發出一班台中往左營、晚間十時卅分發出台北往台中區間列車。

公路目前仍有五十四處未搶通，出門前仍要留意路況，可先撥○八○○二三一○三四查詢。

在航空方面，國內及國際線多已恢復正常，但飛離島航班受天候影響，今天仍可能有所異動，建議旅客出門前先與航空公司確認。

台鐵在台中縣豐原、后里間的大甲溪鐵橋，因溪水暴漲、通行危險，昨天下午四時以後的列車全改走海線，后里站暫無列車通過。到豐原、台中站須乘到彰化再搭車回頭，影響十多列對號列車和區間車，上千乘客抱怨。