碧雲寺座落於山靈水秀的台南關仔嶺的半山腰,坐東向西,背倚秀麗的枕頭山,面迎廣闊的嘉南平原,附近林木茂盛;四周碧綠青翠,雲煙縹緲,「水火同源」與本寺同屬一脈源,地下蘊涵豐富之天然氣,故名「火山碧雲寺」。本寺在宗教的莊嚴氣氛中,並兼具賞心悅目的詩情畫意,是全台一處得天獨厚的靈山勝境,更是俢行者參禪悟道的好地方。
清康熙四十年(一七○一),第一代開山祖師釋應祥(俗名李鶴齡),由福建省泉州府名剎開元寺奉請一尊觀音佛祖聖像,渡海來台,從竹仔港(今高雄縣永安鄉)登陸上岸,隨後寄居於阿公店(今高雄縣岡山鎮),數月後為了尋找更適合參禪悟道的環境,再奉迎觀音佛祖遍遊南部各大叢林,最後於枕頭山下(今台南縣白河鎮仙草埔)暫且落腳。
時光荏冉,歲月如梭,如此過了數年,由於應祥師通徹孔孟之學及勘輿之術,發現於枕頭山南麓半山腰有一處「半壁吊燈火」之靈穴更適合靈修參禪﹔應祥師遂獨自帶著觀音佛祖上山,披荊斬棘,草建茅堂;就整座碧雲寺範圍內有兩處靈穴,現今正殿是處「鳳穴」,後山南北兩側山脈是為鳳翅;「半壁吊燈火」靈穴即今三寶殿前香爐位置,兩穴互為文集;相互共構營造成三百餘年之靈山古剎。由於碧雲寺財力拮据歷經嘉慶、咸豐及光緒等年間次第興建完成,本寺右側豎立一塊嘉慶十六年(一八一一)的「玉枕火山碧雲寺募為緣業碑記」,以資佐證,碑記內容大意如下…碧雲寺為嘉邑名勝,觀音大士英靈遠庇早已膾炙人口,然而寺無緣業,僧家難為無米之炊。嘉慶十六年,張士輝等二十善信,計鳩銀三百二十六圓,買糞箕湖山腳墾田,大武壠派社番目荒埔園,永為寺中香煙,以迓神庥。
由於早期台灣社會環境的關係,碧雲寺是座佛、道、台灣民間傳統信仰兼祀的佛剎,這在早期佛剎頗為常見,也因此碧雲寺的信衆涵蓋了佛教與道教,在親和力與善化人心方面有更大的作用。目前整個碧雲寺可分成四大部份,即「正殿」供奉觀音佛祖、「三寶殿」(大雄寶殿)、「清虛宮」(天公廟)、「地藏王寶殿」。正殿佛道兼祀、三寶殿純佛教、清虛宮純道教、地藏王寶殿奉民間神主牌。
建物大部份構造仍保存閩南及日式混合風格,其洗石子的大量使用是一大特色,正殿及山門之剪粘、泥塑極具地方色彩,最引人注目的是山門外的一對笑獅。民國三十八年,住持霖淨法師、明淨法師率眾增建清虛宮(天公廟),至四十三年完工;先總統 蔣公曾親臨獻香,並蒙賜匾額「凌霄寶殿」,為本寺帶來無限殊榮。 眾信為維護本寺權益,且按照政府法律規定,於民國四十三年成立火山碧雲寺管理委員會,由陳澄沂先生膺選為首屈主任委員於民國五十五年興建地藏王寶殿,由各方檀信佈施捐獻大力支持,於民國五十六年竣工,民國五十九年間,又接著興建古宮殿式三寶殿,民國五十九年八月間宣佈撤銷原有組織,重新改組為財團法人火山碧雲寺董事會,並報請台南縣政府核備。
碧雲寺於民國八十六年(一九九七),由內政部評定為三級古蹟。民國八十九年(二○○○)縣政府研擬修護碧雲寺計畫。碧雲寺之觀音殿、山門、寺埕列為古蹟範圍於民國九十年(二○○一)五月動工整修,於民國九十四年(二○○五)一月整修完竣。
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玄聖觀 見世情返觀心
玄玄之理道德基 聖心無為萬年聚
觀心觀性為何意 原來清靜是真理