九九課綱英、數和物理都從高二分Ａ版與Ｂ版，Ａ版課程為基礎單元，Ｂ版包括基礎與進階內容，學測英、數都考Ａ版，物理也考Ａ版；指考英文、物理則以Ｂ版為主，但數甲考Ｂ版，數乙考Ａ版。

英文方面，學測只考常用字詞約四千五百字，指考則涵蓋七千字範圍；物理二重點介紹牛頓力學，Ａ版為簡單的力學課程，Ｂ版更注重推導與計算。

九九課綱最大變動就是高二自然科的學分增加，以往高一有八學分必修，高二只有四到六學分，現在改為高二也八學分，幾乎增加一倍，學測考題占分也跟著改。以往學測自然科第一部分以高一為主，第二部分偏重高二，第二部分占分只有兩成五，但未來學測占分增為百分之卅七點五，題目也增加。

九五課綱第二部分四科每科都考五題，廿題答對十六題這部分就滿分；九九課綱改為每科七題，廿八題答對廿四題就滿分。