我們發現那三個亞群的分布大致重疊，整個來說，比馬玻亞群小得多了，根本不成比例。只有距華南海岸一百五十公里遠的臺灣島上，還有南島族群使用它們。臺灣直到最近一千年，才有中國人登臨，先前由南島族群佔居。中國人大規模移民臺灣島，是明鄭以來的事。一九四九年國民政府轉進臺灣，數十萬大陸軍民一齊湧入。現在臺灣的南島語族只佔臺灣人口的二%。四個南島語亞群中，有三個集中在臺灣，表示臺灣是南島語群的故鄉，由於南島語在這裡已經說了幾千年，因此有顯著的分化歧異。所有其他的南島語，西起馬達加斯加島上的南島語，東到復活節島上的，都是由臺灣出發的祖先群帶出去。

現在讓我們從考古證據開始談起。雖然在古代遺址中不會找到語言的化石，遺址中出土的骨骸與文化遺跡能透露人群與文化的移動，那些資料都和語言有關連。南島語族現在居住的地方，和世界上其他地區一樣，原來只有狩獵—採集民族活動，他們沒有陶藝、磨製石器、家畜家禽、與農作物。考古資料中，最早出現新鮮的文化要素的地方，是臺灣。西元前四千年開始，大坌坑文化在臺灣出現，是最早的新石器時代文化，除了磨製石器，陶器的特色是粗繩紋的裝飾。學者認為大坌坑文化與大陸福建、廣東的新石器時代文化有密切的關係。在新石器中期的遺址中稻米、小米也出土了，表示農業也是生計之一。