3月26日，以221萬票敗選的謝長廷向民進黨中常會為大選敗選請辭代理黨主席，但中常會決議請謝長廷留任，在5月25日新主席產生前，擔負起黨務改革領導重任。
謝長廷表示會徵詢黨內意見再作決定，若黨內同意重新調查2004年總統大選319槍擊案，願考慮留任到525。

謝長廷在民進黨中常會要求重新調查2004年總統大選319槍擊案，柯建銘緊集告知陳水扁，陳水扁大為震怒，立刻要謝長廷在3月27日上午11時到總統府會面，說清楚，講明白，謝長廷本來要中執委葉菊蘭、林耀文一起去，但陳水扁只要謝長廷單獨前往。