1992年，中國政府將神舟載人航太工程列入國家發展計畫，在此之後僅用7七年的時間，突破性地在載人航太的三大技術關鍵技術取得進展，即高度可靠性的大推力運載火箭，載人太空船的安全重返技術，以及載人太空飛行維生系統。

1999年11月20日清晨06:30，中國首艘非載人測試太空船神舟1號(SZ-1)，從酒泉衛星發射中心發射升空，並於11月21日03:41在內蒙古中部地區成功著陸，飛行時間/圈數為21小時11分/14圈。

在神舟1號重返艙內放置有1具高1.70m左右、身著太空裝的模擬人感應器，用於收集重艙在太空中的溫度、濕度、氧氣等各種測試資料。除此之外，作為中國歷史上的首次太空船飛行，神舟1號的繞行軌道艙(Orbital Module)搭載了大量的紀念品，其中包括中華人民共和國國旗、奧運會會旗、各類郵票及首航紀念封、各10g左右的青椒、西瓜、玉米、大麥等農作物種子，此外還有甘草、板藍根等中藥材。

2001年1月10日凌晨01:00，神舟2號(CZ-2)太空船發射升空。事實上，這是中國研發的首艘量產型太空船，也是載人太空船的「最完整技術版本」。1月16日晚間19:22，神舟2號在內蒙古自治區中部地區安全返航。飛行時間/圈數為6天又18小時/108圈。

首次在神舟2號進行的微重力(Micro-Gravity)環境下太空生命科學、材料、天文和物理等領域的實驗，其中包括：半導體光電子材料、氧化物晶體、金屬合金等多種材料的晶體生長；蛋白質和其他生物大分子的晶體生長；植物、動物、水生生物、微生物及離體細胞和細胞組織的太空環境效應實驗等。

2002年3月25日22:15，神舟3號(CZ-3)發射升空。4月1日在內蒙古自治區中部地區返回，飛行6天又18小時/108圈。

搭載有處於休眠狀態的烏雞蛋，進行測試的酬載設備10項，合計44件，包括：卷雲探測儀、中解析度成像光譜儀、地球輻射收支儀、太陽紫外線光譜監視儀器、太陽常數監測器、大氣密度探測器、大氣成分探測器、繞行軌道艙視窗元件、細胞生物反應器、多功能晶體生長爐、蛋白質結晶裝置、固體徑跡探測器、微重力測量儀、酬載設備等，以及人體代謝模擬裝置、擬人化生理訊號設備以及人體模型，定量模擬太空人呼吸和血液循環等重要生理活動參數。

2002年12月30日00:40，神舟4號(CZ-4)太空船在-28℃持續低溫嚴寒條件下發射成功。2003年1月5日19:16，在內蒙古自治區中部地區安全返回，飛行時間/圈數為6天又18小時/108圈。

2003年10月15日09:00，西北酒泉航太發射中心由長征2號F型(CZ-2F)運載火箭成功發射首艘中國載人太空船神舟5號(CZ-5)！10月16日18:28，在內蒙古中部阿木古朗草原地區安全返回，著陸點與預測僅相差4.8km。飛行時間/圈數為21小時23分鐘/14圈，太空人是楊利偉。重返艙內並載有中華人民共和國國旗、北京2008年奧運會會徽旗、聯合國國旗、人民幣樣張、中國首次載人太空飛行紀念郵票、中國載人太空工程紀念封和據稱來自台灣的農作物種子等。

至此，中國成為繼前蘇聯和美國之後第3個能獨立進行載人太空活動的國家。此時距離中國首艘神舟1號測試太空船成功發射約3年零329天，距離中國載人航太工程計畫實施約11年又25天。

神舟6號太空船(CZ-6)於2005年10月12日上午09:00發射升空，太空人是費俊龍和聶海勝；在軌道停留時間為115.5小時。

這是中國完成的首次多人/多天載人太空飛行計畫，並首次進行了由太空人參與的太空實驗和太空船軌道操作，該次飛行首次達到325萬公里的飛行距離(位於距地表約343km圓形軌道)。

神舟7號(CZ-7)載人太空飛行任務將由3名太空人編制為任務組員，並由其中1名太空人完成首次艙外活動(EVA, Extra Vehicular Activity；台灣稱太空漫步，中國則稱太空行走)及相關太空實驗操作。