民進黨秘書長吳乃仁被控在台糖董事長任內涉嫌賤賣台糖土地案，台中地檢署調查後認為吳核定低於市場行情的底價，賤賣土地給長期贊助前立委洪奇昌的企業，造成台糖損失四億餘元，已將吳、洪依背信罪嫌起訴。

吳乃仁接任民進黨秘書長前，被羈押在台北看守所的陳水扁就曾質疑吳乃仁有案件遭調查中，當時陳水扁是從特偵組起訴扁案的筆錄中，發現檢方查扣力拓營造公司內部帳冊中資金流向中，有提到「吳乃仁」、「台糖」等字眼。不過，台中地檢署調查吳乃仁賤賣台糖案，從扁執政時期便已開始調查，陳水扁應該也知情。

另外，開發金控前總經理辜仲←在偵訊中曾經承認，他曾替吳淑珍投資理財，也替吳乃仁作類似的事，特偵組曾經傳喚吳乃仁到案說明，迄無下文，但台中地檢署已先追訴吳乃仁在台糖董事長任內出售月眉廠區土地案。

檢方調查，九十二年間，長期接受春龍公司總經理潘志豪家族贊助的民進黨不分區立委洪奇昌，向時任台糖董事長吳乃仁遊說，希望能將台中縣霧峰、外埔、台中西屯、彰化鹿港的多筆土地，「轉租為賣」給春龍公司。

台糖承辦人員雖已表示「不可行」，但吳乃仁、洪奇昌為使春龍公司獨享利益，仍違法指示台糖人員與春龍簽訂幾乎是量身訂作的契約。決定出售台糖土地後，台糖內部依當時霧峰附近農地地價評估，可賣土地市價約值七億八千多萬元，內部建議底價為八億七千萬元。

但是，吳乃仁藉口當時台糖仍虧損，認為土地能賣就賣以彌補虧損，核定賣價為六億兩千三百八十七萬餘元，還繳交一億六千多萬的土地增值稅，實際入帳金額只四億六千多萬元。與台糖內部原先建議價八億七千萬元相較，損失四億多。