很多名嘴(台灣的政治評論員不多)如胡忠信和陳揮文等，批評馬英九這次是干預司法獨立和打擊司法，可見這些犬儒學者或名嘴對法治的認識不多。
什麼是司法獨立？很多不明所以的人往往會陷入一種迷思，甚至將司法視作宗教地去崇拜，不容有半點質疑。
德國學者將獨立而不受干涉分為八個方面：
1.獨立於國家和社會間的各種勢力；
2.獨立於上級官署；
3.獨立於政府；
4.獨立於議會；
5.獨立於政黨；
6.獨立於新聞輿論；
7.獨立於國民時尚與時好；
8.獨立於自我偏好、偏見與激情。
以上所列的獨立，是保障司法系統不受政治機構和輿論所干預，最後兩項是限制司法人員不受社會偏好影響判決，自我節制不受個人情緒和偏見影響公正。
司法只是有限的獨立，絕不能完全獨立於國家體制，他仍要依從於憲法和立法院通過的條例而執行的，與其說獨立，更準確地應說司法中立。
要保障司法獨立和不受干預，除了訂立職級保障和獨立於行政架構外，最重要的是(1)要設立個案監督的中立機構；
(2)輿論監察司法；(政府不能禁止輿論去批評司法的判決，和上述獨立的第6項沒有砥觸的，司法人員在執行期間應具有不受輿論影響的精神。)
(3)錯案追究制的設立和市民有追訴司法不公的賠償。
再回到台灣的司法制度弊端是：檢察官監察制度設在自己的檢察部門內，自己查自己，官官相衛下，變成獨立而不受約束的濫權部門。對調查案件的檢察官享有極大自主的提控自由，不受制約，往往檢察官持有任務執行上的主觀而影響判斷的客觀性，待到法庭審判才能為誤告的無辜者脫罪，除了浪費司法，也直接傷害了被告的權益和生活上產生的永久性傷害。
馬英九這次起訴檢察官，除了暫時可以警惕執法者要更嚴謹地處理案件外，也為市民樹立一個可伸訴的權利。
長遠而言，台灣應在檢察官制度上再設一個律政司部門，由聘請現職律師多人一起去審察每一件起訴案件(以香港為例，律政司便有一百多位不同專業領域的律師)，先審視起訴條件和證據是否充足，再由律政司委派檢察官或律師作公訴人，若認為證據不充份, 便發回檢察官再搜證或取消檢控。律政司若發現有檢察官以非法或不實行為作為檢控，便可移交內部處罰檢察官，嚴重的便提出控訴。
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