--97年5月20日,陳水扁卸任總統後,特偵組立即分案偵辦國務費案,並將陳水扁列為被告。陳水扁也是中華民國司法史上第一位卸任總統被檢方列為偵字案被告的案例。
--12月12日,特偵組偵結國務費、龍潭購地、南港展覽館、洗錢等扁家4 大弊案,依貪污、洗淺等罪起訴陳水扁、吳淑珍等人;台北地方法院12月30日將陳水扁收押。
--98年9月11日,扁家4大案一審宣判,台北地院判陳水扁、吳淑珍無期徒刑,褫奪公權終身。
--12月24日,特偵組偵結二次金改案,依貪污、洗錢等罪起訴扁珍;扁家子女陳致中、黃睿靚、陳幸妤,以及部分企業高層,均遭起訴洗錢罪。
--99年6月11日,扁家4大案二審宣判,陳水扁、吳淑珍分別被判刑20年,褫奪公權10年。
--11月5日,金改案一審,台北地院判決扁、珍及扁家子女、相關企業高層等全部被告無罪。
--11月11日,扁家4大案,最高法院自為判決,在龍潭案及陳敏薰人事案,分判扁、珍11年、8年,未來由高院定合併執行刑期;國務費及南港展覽館等案,發回更審。