根據學者對客家族群基因的研究，發現父系與母系遺傳結構的顯著差異，這被稱為「不對稱融合」。

父系基因（Y染色體）：以中原漢族為主體

對福建長汀等地客家人的Y染色體分析顯示，其父系基因庫中，約有 80% 與北方漢族（特別是中原地區）高度相關。 表示客家先民男性主體源自中原漢人。在遺傳群聚分析中，客家人男性基因與河北、山西等地的北方漢族人群最為接近，被歸入「中原組」。

母系基因（線粒體DNA）：大量融入南方原住民血統

與父系基因形成鮮明對比的是，客家人的母系基因顯示出與南方少數民族，特別是畲族、苗瑤語族人群的密切聯繫。研究發現，客家人線粒體DNA中一個特定的基因缺失變異（9bp缺失）比例約為20%，這個比例遠高於中原漢族（約10%），而與畲族（約15%）及苗瑤族群（高達30%-50%）更為接近。

因此推估在客家族群形成的過程中，其女性先民應有約三分之一或更大的比例可能來自當地的苗瑤與畬等南方族群。這表明南遷的漢族男性在與南方土著（主要是畲族先民）的互動中，大量與當地女性通婚，從而將南方族群的母系血統融入了客家民系之中。

基因的研究顯示，北方漢人是客家族群的主要父系來源，而母系則包括了相當比例的苗瑤與畲族等南方民族的女性。這可能是由於軍人屯駐、墾荒、逃難....等各原因，造成這種北方漢人男性在特定的歷史與地理的時空中，娶了不少的當地原住民女子為妻，而導致了這樣的基因構成。

當然，在這樣的狀況下，來自母系的語言與文化，應該也會在客家民系的形成，發揮一定的影響。

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