有些寶石是來自於「含有有機材料」，稱為「有機寶石」，皆由動物、植物、生物所衍生的。

例如：珍珠 ( 來自貝殼 )、珊瑚 ( 來自珊瑚蟲骸骨遺物所形成 )、琥珀 ( 來自樹脂的化石 )、煤玉 ( 來自木材的化石 )、象牙 ( 又分現代象和猛瑪象 )、硨磲 ( 來自海螺的化石 )、龜甲 ( 來自海龜的殼 )、動物的化石等。

有機珍寶：如珍珠、珊瑚、琥珀、煤玉、象牙、硨磲等皆來自於有生命、生物的材料。