回國後，由於蔡元培先生的支持，開啟了中國現代的音樂教育。蔡元培先生於民國五年出任北大校長，民國六年在北大組「音樂研究會」，蕭友梅回國，蔡先生聘蕭友梅為研究會導師，負責音樂與和聲學的課程，成為在國內有系統介紹西洋作曲理論的第一人。

民國九年(1920)，與楊仲子等在北京女子高等師範學校創音樂體育專科，並親自擔任主任之職。次年，音樂與體育分科，其仍任音樂科主任，為我國大專設音樂科之始。

民國11年(1922)年該校改為北京國立女子大學，同年秋，北大音樂研究會改名為北大附設音樂傳習所，此時音樂界聞人群集北大，如楊仲子、劉天華、趙麗蓮、張友鶴、何靜海、羅烱之、陳德義等均在此任教職。同年年底，蕭友梅將前海關管絃樂隊重組，成立「國立北京大學附設音樂傳習所」的管絃小樂隊，並負責指揮練習，及經常公開演奏，成為我國第一個西洋管弦樂團。是年，在小學課程中的隨意科目「樂歌」，經蕭友梅等的努力，正式改名為「音樂」，並成為必修科。

民國12年北京國立藝術專門學校成立音樂系，簫友梅又兼任主任，當時北京各高等學府的音樂系皆由其主持。他工作認真而忙碌，卻因教育人員待遇菲薄而生活清苦。同年他與楊仲子及劉天華等組織了國樂改進社，致力於國樂的研究與改進，蕭友梅主張改良國樂樂器，使原本大多不能奏半音的樂器皆能奏半音。是年在蕭友梅等努力奔走下，全國教育聯合會擬定了「音樂課程標準綱要」

民國16年，北洋軍閥的政客出任教育總長，刻意摧折藝術教育，嚴令京中各校取消音樂系，蕭友梅只好黯然離開北京。由於蔡元培的安排，蕭到了上海，經多方奔走，終於在同年10月成立了「國立音樂院」，為我國第一所國立音樂院，初由蔡元培兼任院長，蕭任教務長，翌年蔡辭去兼職，由蕭任院長並兼教務長。

民國18年(1929) 「國立音樂院」改為「上海國立音樂專科學校」，時黃自剛歸國，任教於滬江大學音樂系，蕭聘黃自為音專兼任教授。次年蕭因校務繁忙，辭教務長一職，改聘黃自為教務長兼理論作曲科主任。當時音專在蕭友梅及黃自的努下，網羅了時下中國著名的音樂人才，培養了很多後來傑出的作曲家及演奏家，並使上海取代北京成為中國的音樂中心。

民國20年，九一八事變爆發，蕭友梅與音專師生組成了「國立音專抗敵後援會」，鼓勵學生創作抗日歌曲，及舉辦抗日音樂活動。

民國26年，七七事變爆發，音專校舍不幸毀於日軍砲火，部份師生隨政府後撤，但蕭不忍就此棄音專於不顧，逐與黃自毅然留下主持校務，使留滬學生能繼續學業。11月上海淪陷，蕭將音專遷入舊法租界租樓上課，黃自不幸因染傷寒逝世(一說為日人害死)，蕭獨力支撐，為淪陷區學子的樂教盡最後心力。

民國29年(1940)，蕭友梅因原患之肺病在環境艱困及勞心勞力下而加劇，終於12月31日病逝上海。

一生為中國的樂教鞠躬盡瘁，然而今日在海峽的兩岸，要尋找蕭友梅的資料，卻非常貧乏！