但是在選擇這種近視雷射治療方法之前，應注意某些風險和並發症。手術後最常見的並發症是嚴重的干眼綜合症，原因是眼睛無法產生足夠的眼淚以保持眼睛濕潤。其他並發症包括屈光不正的矯正或近視雷射過度矯正，視力波動，光暈，眩光或複視，主要影響夜視，對光的敏感性，角膜皮瓣中的條紋或皺紋，皮瓣下的生長或碎片等。

那些計劃進行醫療雷射手術的人應該牢記所有這些要點，應該權衡所涉及的風險收益率，並且不要受到做完此手術的朋友或堅持這種治療方法的醫生的過度影響。在做出決定之前，應與主治眼科醫生討論所有的好處和風險。目前，醫療雷射僅獲得台灣醫療協會（食品和藥物管理局）的批准，僅適用於18歲或18歲以上的人群。

這種副作用是通過眼睛發紅，有時視力模糊，眼睛發癢，結，或對物體在眼中的錯誤感覺（例如灰塵或污垢）來表現出來的。

這是由於醫療雷射手術導致角膜翹曲時，這種翹曲是由於疤痕造成的，並導致醫療雷射手術完全失敗。那些有這種副作用的人仍然必須戴矯正眼鏡。

在此實用一個新的醫療雷射程序，稱為雷射醫療雷射，該程序無刀片並且使用激光。結果是，可引起散光的小並發症少。由於有了這些新的發展，上述副作用的風險迅速降低，並且隨著科學技術的進步，耐心將被注意到。