行政院決定將三項特別軍購部份預算改列國防年度預算支應，讓原先已吃緊的國防預算更雪上加霜，為籌措「突如其來」的35億預算額度，國防部要求全軍「找錢大作戰」；除加速拍賣部有土地以換錢支應特別軍購計畫要加速進行外，國防部也要求各軍種重行檢討預算，並緊縮基層連隊行政事務費，例如營級以下的文具紙張支出就全遭取消，讓不少基層幹部大喊吃不消。

檢視國防部在民國93年公布的未來五年國防財力預判數據，再對照今年行政院核定的實際預算，就可發現國防預算吃緊的問題癥結。根據93年時的預估，未來五年國防預算中的人員維持費比例，應因精進案逐年遞減，軍事投資比例則逐年增加，才可能支應各項武器的採購與汰換。但事實上，國防預算卻因擴大辦理募兵制，造成人員維持費逐年攀升，在政府財力不佳、國防預算難成長之限制下，軍事投資預算比例只好逐年遞減，預估到民國99年將劇減僅剩500億不到。