新任教育部長吳茂昆2014年捲入溢領費用問題，在16日政院宣佈新任教長的記者會上成為焦點。行政院發言人徐國勇強調，吳茂昆擔任東華大學校長以前就已是該校講座教授，並非當校長後自肥，且吳茂昆頂尖人才25萬的獎勵金，是東華大學學術評審委員會決定給予，並非自己通過的。
不過，此事曾被監察院要求吳茂昆需繳回溢領所得，媒體追問是否已經繳回，徐國勇未正面回應，只表示手上沒有相關資料，但「我想應該沒有問題」。
行政院也發出2014年風波爆發時，吳茂昆所發出的聲明，內容強調，東華大學在100年12月聘他為講座教授，聘期為101年1月23日到104年1月22日止，每月領取講座教授獎助金5萬元，而他是101年2月1日才正式就任校長，因此受聘講座教授並非他以校長職權為自己加薪。
聲明中也說，擔任校長的薪資加給是經過學校學術獎助評審委員會，認定他過去的研究成績，而給予頂尖人才25萬元的獎勵，但考慮到與講座獎助5萬元重複領取，因此實際核定頂尖獎勵為20萬。
聲明中強調，吳茂昆雖有講座教授的獎助，但其實是從頂尖獎勵扣下來的，因此根本沒有監院調查所指，溢領170萬的問題，「所謂詐領、溢領，不但子虛烏有，更是對我人格最大的侮辱」。
吳茂昆也說，願意主動向學校審查單位申請撤銷「講座教授」的身份，正本清源的解決問題。他也自認擔任校長以來，絕無違法失職，如果多數同仁認為我坐領高薪，甚至造成校務基金的沈重負擔，「我願意立即辭去校長一職。」
不過，監察院2014年曾要求吳茂昆需要繳回溢領所得，當年吳茂昆在聲明中沒有對此進行回應，16日記者會上徐國勇也未正面回應，只表示手上沒有相關資料，但「我想應該沒有問題」。
對於2014年時吳茂昆也被指控徇私讓某位老師升等，吳茂昆在當年聲名中說，「教師升等是經由教評會三級三審程序，絕非校長一人所能操控」，徐國勇16日亦給出相同說法，並說吳茂昆上任以後，若還有疑問，相信他會做出相關澄清。（新教長是誰？）
監察院調查報告全文
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