全國性公投已完成六次投票，但連署名冊與戶政抽查作業暴露的作假與缺失值得檢討。先前傳出戶政單位查核連署人名冊，發現有往生者與戶政人員自己在名冊內，對此，中央選舉委員會擬對連署名冊作假移送檢調單位處理，但移送對象是作假的行為人或是公投提案領銜人，仍有待研究。

依照公民投票法規定，公投提案經行政院公投審議委員會審核確定提案內容後，提案領銜人應向中選會領取連署人名冊格式，自行印製，展開徵求連署的程序，連署人數須達最近一次總統副總統選舉人總數百分之五以上（約八十八萬人），並經戶政機關查核與中選會委員會議審查後，才能指定投票日期舉行投票。

在三月二十二日舉行的入聯、返聯公投中，在民進黨和國民黨強力動員下，連署名冊都破百萬份，不過，這麼龐大數量的連署名冊送到各級戶政機關審核時，卻發現不少明顯的作假情事。戶政人員透露，裝訂成冊的連署人名單中，這些人大部分是居住在同一區塊，每頁要附上的簽名很明顯是出自同一人的筆跡；另外，鍵入戶政資料查對時，還會發現連署人是已經往生的人，甚至連戶政人員自己與同事也會在連署名單之內。

戶政人員說，最誇張的例子莫過於國民黨籍彰化縣長卓伯源竟在民進黨提案的公投連署名單中，這樣粗糙的作假手法，讓查核者哭笑不得。

熟悉內情人士指出，作假情況多不勝數，主因是公投法施行細則修改連署人名冊應附資料的規定，在2004年防禦性公投時，施行細則規定連署人名冊中要附上身分證影印本，但經民進黨立委蔡同榮與民間團體強烈要求後，修正法規把身分證影印本修掉，連署人只需填上身分證統一編號、戶籍地址，並親自簽名或蓋章即可。

他認為，實施這種所謂的「便民」措施後，今年舉行的討黨產、反貪腐、入聯、返聯公投，作假情況就嚴重許多，不難發現很多連署人名冊是由地方民意代表或民間團體整批填妥後送到中選會，地方戶政人員也只能形式審查，看看名冊中填的身分證字號與地址是否與電腦資料相符，無法透過電話等方式確認當事人的意思。

對於層出不窮的連署名冊作假事件，據悉中央選舉委員會主委張政雄已打算祭出法律工具對應，再彙整更多蒐證資料後移送檢調單位處理，希望能有嚇阻效果。但因移送對象應為提案領銜人，還是代為簽名的行為人或主導連署人名冊的民代仍有待研究，且採用法律訴追會不會影響日後人民連署公投提案的意願？上述可能的衝擊都是中選會考量斟酌的因素。